Bislang wurden einige verschiedene SPM entwickelt. Die wichtigsten Vertreter an der Universität Basel können in drei Gruppen eingeteilt werden. Sie werden entsprechend der Sonde, bzw. Methode, mit der sie die Oberfläche abtasten, benannt:

• Rastertunnelmikroskop (STM): Messung mit elektrischem Strom. Als Resultat entsteht eine Landkarte gemischt von elektrischen Zuständen und topographischen Gegebenheiten.


• Rasterkraftmikroskop (AFM): Messung auf atomaren Kräften basierend. Das Messergebnis hängt hier von magnetischen und topographischen Merkmalen der untersuchten Probe ab.


• Nahfeld-Optische Mikroskope (SNOM): Messung mit Hilfe einer Lichtquelle bzw. einem optischen Detekor. Das SNOM liefert Informationen über die Intensität, die Wellenlänge (Farbe) und den Polarisationszustand des Lichtes.

Die SPM finden in der Grundlagenforschung, aber bereits auch in der Industrie ihre Anwendung. An der Universität Basel wird stark im Bereich der Reibungsmessung geforscht. So wird es eines Tages möglich sein, Reibung anhand der molekularen Struktur einer Oberfläche genaustens vorauszusagen. Ausserdem wurde durch die Entwicklung der SPM die intesivere Erforschung von Eigenschaften verschiedener Materialien möglich.
In der Industrie werden SPM beispielsweise für die Erkennung von Defekten in der Struktur von Materialien gebraucht.
Durch die Möglichkeit, bestimmte Atome mit SPM zu beeinflussen, haben sich einige neue, noch nicht vollständig erfasste Wege aufgetan.
Ein Feld ist die Weiterentwicklung des Mikrochips. Das Ziel ist die Entwicklung eines einige Nanometer grossen Chips. Da dieser mehr auf atomaren und weniger auf elektrischen Gegebenheiten basieren wird und die Forschung ja noch sehr neu ist, dürfte es noch ein paar Jahre bis zur Vollendung dauern.